Jest to o tyle istotne, że zarówno niedoskonała znajomość hebrajskiego Hieronima, a przede wszystkim kumulacja błędów kopistów w ciągu bez mała tysiąca lat spowodowała, że w wielu miejscach Wulgata była w ogóle niezrozumiała, a nawet bezsensowna. Błędy Wulgaty były znane, gdyż uczeni w XV i XVI wieku (Lorenzo Valla, Jacques Lefèvre d’Étaples czy Erazm z Rotterdamu) niejednokrotnie wskazywali na nie (szczególnie w tekście Starego Testamentu), dokonywali też własnych przekładów, jednak żaden z nich nie zdobył uznania i nie zdołał zastąpić Wulgaty. Wujek podawał w przypisach znaczenie tekstu oryginalnego (hebrajskiego lub greckiego), ułatwiając w ten sposób zrozumienie tekstu. Nie zdołał jednak ominąć błędów Wulgaty. Na przykład tekst Księgi Izajasza 5,1 oddał za Wulgatą Winnicę nabył mój miły na rogu, synu oliwy (dla porównania Biblia Tysiąclecia idąc za oryginalnym tekstem hebrajskim: Przyjaciel mój miał winnicę na żyznym pagórku).
Przedmowy do poszczególnych ksiąg zostały opatrzone dość ostro sformułowanymi opiniami o przekładach protestanckich (stanowiły one odzwierciedlenie ówczesnych poglądów katolickich).