thumb|XVIII-wieczna francuska ilustracja trepanacji Trepanacja (, trypanon – „świder”) – zabieg chirurgiczny wykonywany zależnie od potrzeb za pomocą świdra lub trepanu, dłut i kleszczy kostnych.
W przypadku trepanacji czaszki służy ona odsłonięciu opon mózgowych, by umożliwić przeprowadzenie właściwego zabiegu, np. gdy wymagane jest leczenie krwiaka wewnątrzczaszkowego. Trepanację kości długich, kręgów i miednicy wykonuje się we wstępnym etapie operacji wytwórczych kości. Trepanacja zęba polega na przewierceniu się od korony do komory; w stanach zapalnych lub zgorzeli miazgi umożliwia ujście gazów i ropy nagromadzonych w komorze.
Historia trepanacji czaszki Prehistoria Początki trepanacji czaszki datowane są na neolit. W jednym ze stanowisk we Francji odnaleziono szczątki 40 osób ze śladami trepanacji czaszki (⅓ spośród wszystkich odnalezionych). Szczątki z prekolumbijskiej Mezoameryki (Meksyku, Gwatemali i Jukatanu) pochodzą z okresu 950–1400 n.e. O trepanacji wspomniano już w Corpus Hippocraticum. Wiele dowodów archeologicznych na przeprowadzanie tego zabiegu pochodzi z południowo-zachodnich Niemiec (z epoki kamienia), jednak w Europie pochodzą także m.in. z Irlandii, Danii, Francji i Włoch.