Należał do Klubu Inteligencji Katolickiej.
W latach 1989–1991 sprawował mandat posła na Sejm X kadencji z ramienia Komitetu Obywatelskiego W trakcie kadencji należał do Obywatelskiego Klubu Parlamentarnego, pełnił funkcję zastępcy przewodniczącego Komisji Sprawiedliwości. W wyborach w 1991 po raz drugi został wybrany posłem z listy Porozumienia Obywatelskiego Centrum, został powołany na stanowisko wicemarszałka. Należał do współzałożycieli Porozumienia Centrum, a następnie wszedł w skład rady politycznej tej partii.
W 1992 upubliczniona została sprawa związku jego 16-letniej wówczas córki Moniki Kern z 21-letnim Maciejem Malisiewiczem. Ucieczka córki z partnerem została nagłośniona przez media, głównie tygodnik „Nie” Jerzego Urbana, „Trybunę” oraz „Gazetę Wyborczą”, na łamach której Jacek Hugo-Bader opublikował reportaż zatytułowany Mezalians. W publikacjach tych negatywnie przedstawiano ówczesnego wicemarszałka, przeciwstawiając go pozytywnie opisywanej rodzinie Macieja Malisiewicza. Reżyser Marek Piwowski w ciągu kilkudziesięciu dni nakręcił film Uprowadzenie Agaty, nawiązujący do tej sprawy. W późniejszych latach Andrzej Kern wygrał kilka procesów o naruszenie dóbr osobistych, m.in. proces z Jerzym Urbanem.