W czasach rządów Saparmyrata Nyýazowa, w 1995 roku został dyrektorem centrum dentystycznego przy ministerstwie zdrowia i przemysłu medycznego. W 1997 roku objął stanowisko ministra zdrowia, a cztery lata później fotel wicepremiera. W 2004 roku, jako minister, nadzorował wprowadzaną przez prezydenta Nyýazowa reformę zdrowia, która zakładała m.in. likwidację wszystkich szpitali poza stolicą i największymi miastami oraz zwolnienie 15 tys. pracowników służby zdrowia i zastąpienie ich wojskowymi poborowymi.
Przejęcie władzy po śmierci Nyýazowa Po nagłej śmierci Nyýazowa 21 grudnia 2006„Turkmenistan’s ‘iron ruler’ dies”, BBC News, 21 grudnia 2006., który nie zdążył wyznaczyć swego następcy, Berdimuhamedow został mianowany przewodniczącym komisji odpowiedzialnej za przygotowanie i przeprowadzenie ceremonii pogrzebowych, co było pierwszym świadectwem jego silnej pozycji w turkmeńskiej elicie politycznej.