połączyli się z kalwinistami, zachowując jednak łączność z tradycjami husyckimi.
Duże zasługi dla późniejszej twórczości Šafárika położył jego ojciec, który licząc, iż syn pójdzie w jego ślady, już w wieku dziecięcym zaczął uczyć go oprócz pisania i czytania, również języka łacińskiego. W 1805 r. dziesięcioletni Šafárik został oddany do gimnazjum w Rożniawie, gdzie przykładając się do nauki opanował też język węgierski i niemiecki. W 1808 r. uzyskał od rektora gimnazjum świadectwo upoważniające do kontynuacji nauki z pominięciem jednego roku na wyższym poziomie gimnazjalnym w Dobszynie, dzięki czemu ukończył je już w 1810 r. Następnie piętnastoletni Šafárik kontynuował naukę w liceum protestanckim w Kieżmarku (gdzie wcześniej uczęszczał jego ojciec), którego profil pedagogiczno-religijny ukierunkowywał do dalszych studiów filozoficznych i teologicznych (najczęściej w Niemczech). Przez cztery lata nauki w kieżmarskim liceum Šafárik z doskonałym rezultatem ukończył kursy filozofii, prawa i polityki, teologii, uzupełnione studium greki i hebrajskiego (w 1813 r. Šafárik nawet został administracyjnie wyznaczony nauczycielem języka hebrajskiego). W okresie studiów w Kieżmarku (około 16 roku życia) w Šafáriku obudziła się świadomość przynależności słowiańskiej (na co wpływ miał m.in. nacisk madziaryzacyjny).