Okoliczne bagna i malaria wciąż były przyczyną dużych strat.
Wykorzystując lata II wojny światowej i współpracę z brytyjskimi władzami Mandatu Palestyny, organizacje żydowskie zdołały w 1942 roku odbudować zniszczony w 1939 roku kibuc Chamadja. Po wojnie, w styczniu 1946 roku utworzono na południe od miasta Bet Sze’an nowy kibuc En ha-Naciw. Rosnące osadnictwo żydowskie było jednak przyczyną narastania konfliktu żydowsko-arabskiego. Wielka Brytania poszukując sposobu rozwiązania konfliktu, przekazała problem Palestyny w ręce ONZ. Przyjęta 29 listopada 1947 roku Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181 przyznała cały obszar Doliny Bet Sze’an państwu żydowskiemu. W dzień po przyjęciu rezolucji wybuchła wojna domowa w Palestynie, której kontynuacją była I wojna izraelsko-arabska. 16 lutego 1948 roku kibuc Tirat Cewi zaatakował arabski oddział dowodzony przez Fauziego al-Kawukdżiego. W trakcie ciężkiej walki zginął 1 obrońca i 57 napastników. Po nieudanym ataku większość mieszkańców okolicznych wiosek uciekła, ponieważ obawiała się żydowskiej zemsty. W następnych miesiącach żydowska organizacja paramilitarna Hagana wysiedliła i zniszczyła praktycznie wszystkie tutejsze wioski arabskie. W walkach zniszczone zostały także kibuc Geszer (bitwa o Geszer) i moszaw Bet Josef. Geszer odbudowano natychmiast po wojnie.