Do 1783 roku był to kościół klasztorny ss. Bernardynek. Podczas kasaty zakonu, budynki klasztorne wraz z kościołem zostały wyprzedane i taka sytuacja trwała przez cały okres zaborów. W dniu 11 sierpnia 1788 roku ss. Bernardynki zostały przeniesione do kościoła pod wezwaniem św. Józefa przy ul. Poselskiej w Krakowie.
Kolejne rozbiory Polski przyniosły degradację obiektu. W wyniku III rozbioru Polski w 1795 roku Kraków znalazł się pod zaborem Austrii i w 1801 kościół przekształcono w magazyn. W początkach XX wieku budynek znajdował się w rękach prywatnych i mieścił się w nim skład złomu żelaznego. W roku 1906 Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa zainicjowało akcję mającą na celu wykupienie go z rąk prywatnych. Nie doszło jednak do tego ze względu na brak przychylności ze strony władz austriackich. Udało się to dopiero w 1926 r. Trzy lata później kościół został przekazany na potrzeby parafii wojskowej, która w 1932 r. przywróciła go do kultu. W czasie II wojny światowej okupanci niemieccy przekazali go ewangelikom, ale po wojnie powrócił do prawowitych właścicieli.
W 1935 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.