Gdy MA-5 znalazł się nad stacją naziemną na wyspie Kanton, centrum kontroli lotu odkryło, że system kontroli położenia statku rzeczywiście nie działa poprawnie. Usterkę spowodował metalowy wiór w przewodzie paliwowym silniczków odpowiadających za obrót kapsuły w kierunku zgodnym z ruchem wskazówek zegara. Uszkodzony silniczek odchylał statek z kursu, po czym układ automatycznej stabilizacji przywracał statkowi poprzednie położenie. Do czasu odpalenia silników hamujących, cykl odchylenie-poprawka powtórzył się dziesięciokrotnie. Ostatni raz podczas procedury opuszczania orbity, nadając statkowi boczne przyspieszenie 0,49 m/s². Statek utrzymywał kurs dzięki pracy pozostałych silniczków manewrowych. Zużyły w tym celu 4,13 kg paliwa. Każda utrata położenia kosztowała około 450 g paliwa. Dla porównania, w czasie całej pierwszej orbity statek zużył 680 gramów paliwa.
Kolejny problem z temperaturą W trakcie problemów z układem kontroli położenia nastąpiły dalsze kłopoty z utrzymaniem w statku właściwej temperatury. Temperatura w „skafandrze”-siedzisku małpy wzrosła z 18 do 26 °C. Winna temu była zła praca wymiennika ciepła. Pociągnęło to za sobą wzrost temperatury ciała Enosa, z 37,2 do 37,8 °C.