thumb|Jerzy Kłoczowski odznaczany Orderem Orła Białego przez prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego (2004) W 1991 objął kierownictwo Towarzystwa Instytutu Europy Środkowo-Wschodniej w Lublinie, w 2002 został dyrektorem Instytutu Europy Środkowo-Wschodniej. Był przewodniczącym Międzynarodowej Federacji Instytutów Europy Środkowo-Wschodniej, przewodniczącym Polskiego Komitetu ds. UNESCO (1991–2011), członkiem Rady Wykonawczej UNESCO, kilkakrotnie przewodniczył polskiej delegacji na Konferencji Generalnej UNESCO, był założycielem Polskiej Rady Ruchu Europejskiego. Wykładał również m.in. na Collège de France, Merton College w ramach Oxford University i University of Madison-Wisconsin.
Jerzy Kłoczowski zmarł 2 grudnia 2017. Msze święte pogrzebowe w intencji Jerzego Kłoczowskiego odbyły się 12 grudnia w archikatedrze św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Lublinie oraz 13 grudnia w kościele św. Jacka w Warszawie. Msza święta i uroczystości pogrzebowe wraz ze złożeniem prochów Jerzego Kłoczowskiego do grobu na cmentarzu parafialnym w Krzynowłodze Wielkiej miały miejsce 14 grudnia.
Pochowany na cmentarzu parafialnym w Krzynowłodze Wielkiej.