W 1331 r. miasto królewskie zostało zniszczone przez najazd Krzyżaków. Splądrowano i spalono stojący na terenie starego grodziska murowany zamek i wymordowano większość mieszkańców grodu. Rycerze, którzy polegli w Kłecku w walce z Krzyżakami, wg mieszczanina kłeckiego Mikołaja ze Skopka, pochowani zostali w katedrze gnieźnieńskiej i w kościele franciszkańskim. W XIV wieku zniszczeń Kłecka dokonała wojna Grzymalitów z Nałęczami. W połowie XV wieku powstała tu pierwsza szkoła. W czasie wojny trzynastoletniej Kłecko wystawiło w 1458 roku 10 pieszych na odsiecz oblężonej polskiej załogi Zamku w MalborkuKodex dyplomatyczny Wielkiej Polski; Codex diplomaticus Majoris Poloniae zawierający bulle papieżów, nadania książąt, przywileje miast, klasztorów i wsi, wraz z innemi podobnéj treści dyplomatami, tyczącemi się historyi téj prowincyi od roku 1136 do roku 1597; zebrany z materyałow przez Kaźmierza Raczyńskiego byłego Generała W. Polskiego i Marszałka nadwornego koronnego przysposobionych;