Czwarta, ostatnia sesja soboru zakończyła się 8 grudnia 1965 i wkrótce potem utworzono pierwsze komisje posoborowe.
Z inicjatywy papieża obradował także w Watykanie Światowy Synod Biskupów (ustanowiony dokumentem Apostolica sollicitudo z 15 września 1965); w okresie pontyfikatu Pawła VI miało miejsce pięć sesji Synodu: I Zwyczajna (19 września – 29 października 1967) – zajmowała się reformą prawa kanonicznego, sprawami doktrynalnymi, wychowaniem seminaryjnym księży, małżeństwami mieszanymi oraz reformą liturgii; I Nadzwyczajna (11–27 października 1969) – sprawa kolegialności episkopatu; II Zwyczajna (30 września – 6 listopada 1971) – kapłaństwo i sprawiedliwość na świecie; III Zwyczajna (27 września – 26 października 1974) – ewangelizacja we współczesnym świecie; IV Zwyczajna (30 września – 29 października 1977) – katechizacja, szczególnie dzieci i młodzieży, we współczesnym świecie.