8 maja 1991 o. Włodzimierz Zatorski założył przy opactwie Wydawnictwo Benedyktynów „Tyniec”. 14 stycznia 2006 dekret opata Bernarda Sawickiego powołał do życia Benedicite – Jednostkę Gospodarczą Opactwa Tynieckiego. Wtedy też rozpoczął się ostatni etap odbudowy. Jednostka zajmuje się m.in. prowadzeniem domu gości, kawiarni i restauracji oraz klasztornego sklepu na dziedzińcu (w przeszłości prowadziła sprzedaż produktów pod marką Produkty Benedyktyńskie). Jednostka gospodarcza działa w głównej mierze na terenie odbudowanej w lipcu 2008 roku tzw. Wielkiej Ruiny, w której goście mogą zatrzymać się na nocleg. Także w 2008 r. powstał Benedyktyński Instytut Kultury Aby chronić Dobro, z czasem przekształcony w Fundację Chronić Dobro.
19 sierpnia 2002 opactwo w Tyńcu odwiedził papież Jan Paweł IIPapież w Ojczyźnie – Religia..
W marcu 2017 rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Andrzeja Dudy zespół opactwa benedyktynów w Tyńcu został ustanowiony pomnikiem historii.
Oprócz domu gościnnego, restauracji, kawiarni i sklepu z produktami, na terenie klasztoru mieści się także muzeum opactwa oraz księgarnia Wydawnictwa Benedyktynów Tyniec.
Opactwo należy do benedyktyńskiej Kongregacji Zwiastowania.