Przez pewien czas Jan Chrystian przebywał w należącym do margrabiów brandenburskich Krośnie Odrzańskim, gdzie poznał swoją pierwszą żonę, Dorotę Sybillę Hohenzollern.
Dzielnica Jana Chrystiana W 1609, po osiągnięciu wieku predysponującego do samodzielnych rządów, objął władzę w księstwie legnicko-brzeskim. 7 października we Wrocławiu złożył hołd lenny cesarzowi Rudolfowi II. Samodzielne panowanie Jan Chrystian sprawował do 1612, kiedy to Jerzy Rudolf osiągnął wiek sprawny. 8 maja bracia podzielili między siebie ojcowiznę (wcześniejsze ustalenia w tej kwestii zostały uzgodnione w 1611). Jerzy Rudolf wszedł w posiadanie: Legnicy, Złotoryi, Grodźca, Lubina, Prochowic, Wołowa, Wińska, Wąsosza, Ryczenia i Rudnej. Zaś Jan Chrystian utrzymał rządy w: Brzegu, Oławie, Strzelinie, Niemczy, Kluczborku i Byczynie. W swej dzielnicy Jan Chrystian rządził do 1633, a więc ponad dwadzieścia lat. Jego panowanie zdominowały wydarzenia wojny trzydziestoletniej.