Dyskutowane są różne mechanizmy, które mogły doprowadzić do zamknięcia cieśniny: przechylanie izostatyczne procesy sedymentacyjne obniżenie poziomu oceanów (ruchy eustatyczne) dryft płyt tektonicznych Na przykład lodowce na północy platformy kontynentalnej mogą powodować zanurzenie jej na północy i uniesienie na południu. W Pirenejach podczas zlodowaceń tworzyły się pokaźne lodowce. Dziś proces odwrotny powoduje obniżanie wybrzeży Portugalii czy podnoszenie się Skandynawii jako zauważalne w historycznej skali cofanie się morza. Stare porty znajdują się kilka kilometrów od brzegu z powodu ruchów izostatycznych. W przypadku osuszenia depresji śródziemnomorskiej powinno nastąpić wtórne zamknięcie Cieśniny Gibraltarskiej, spowodowane podniesieniem dna wynikającym z prawa Archimedesa. Występowanie tego zjawiska w późnym okresie tłumaczy karłowate endemiczne gatunki słoniowatych i hipopotamów na wyspach Morza Śródziemnego. Olbrzymia miąższość ewaporatów osadzonych w tamtym okresie świadczy o tym, iż musiały one osadzać się w kilku cyklach sedymentacyjnych. Na podstawie tychże osadów stwierdzono, że Morze Śródziemne musiało w kilku cyklach na przemian wysychać, po czym ponownie było zalewane wodami z Atlantyku.