W roku 1648 Jacob został przyjęty do haarlemskiej gildii św. Łukasza. Po 1650 roku wyjechał na studia do wschodniej Holandii i Nadrenii. Opuścił gminę mennonicką i 14 czerwca 1657 roku przyjął chrzest w kościele reformowanym w Ankeveen. „Sądzić [...] wolno, że Ruisdael, przechodząc do Kościoła reformowanego, nie popełnił apostazji i raczej – po przeniesieniu się z Haarlemu do Amsterdamu – zmienił tylko członkostwo grupy społeczno-religijnej”. Razem z przyjacielem Claesem Berchem podróżował po Holandii, po czym zamieszkał na stałe w Amsterdamie i w roku 1659 został obywatelem tego miasta. Otworzył pracownię, w której kształcił się między innymi Hobbema. Obrazy Ruisdaela sprzedawały się bardzo dobrze, malarz uzbierał mały kapitał i prowadził dostatni, wygodny tryb życia holenderskiego mieszczanina.
W roku 1676 artysta ukończył studia medyczne na uniwersytecie w Caen i uzyskał tytuł doktora medycyny. Pracował jako lekarz w Haarlemie.
Był samotnikiem niedbającym o sukcesy, człowiekiem głęboko religijnym o naturze kontemplacyjnej. Pozostał kawalerem i zachował bliski kontakt z ojcem, który pod koniec życia pozostawał pod jego opieką. Mimo talentu i dobrego zawodu Jacob zmarł w nędzy w haarlemskim szpitalu 14 marca 1682 roku.