20 stycznia 1864 roku Głowacki został aresztowany za udział w powstaniu. Od stycznia do kwietnia przebywał w więzieniu na Zamku Lubelskim oraz w budynku koszar (dzisiaj gmach Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego). Sąd wojskowy pozbawił go szlachectwa, a następnie oddał pod opiekę wuja Klemensa Olszewskiego, gdyż opiekujący się dotychczas młodszym bratem Leon Głowacki cierpiał na nieuleczalną chorobę psychiczną. Po zwolnieniu z więzienia Aleksander kontynuował naukę w lubelskim gimnazjum, które ukończył 30 czerwca 1866 roku z wynikiem celującym. Interesowały go studia w Petersburgu, na które nie mógł sobie jednak pozwolić z powodów finansowych. W październiku wstąpił więc do Szkoły Głównej w Warszawie na Wydział Matematyczno-Fizyczny. W Warszawie, zdany na własne siły, zarabiał na studia jako guwerner i korepetytor, co nie przynosiło jednak znacznych dochodów. W wolnych chwilach pisywał do „Kuriera Świątecznego” listy, które wciąż podpisywał pseudonimem Jan w Oleju. Trudności materialne sprawiły, że będąc na trzecim roku zmuszony był przerwać studia (1869).