zamieszkali w Skierbieszowie, skąd uprzednio wysiedlono ludność polską. W późniejszym czasie rodzina została zmuszona do przeprowadzki do Łodzi, a następnie uciekła przed Armią Czerwoną do Niemiec. Początkowo mieszkała w okolicach Lipska, gdzie Köhlerowie prowadzili niewielkie gospodarstwo rolne. W 1953 w obliczu zagrożenia kolektywizacją rolnictwa w NRD uciekli przez Berlin Zachodni do Republiki Federalnej Niemiec. Po czterech latach pobytu w obozach dla uchodźców rodzina osiedliła się Ludwigsburgu w Badenii-Wirtembergii.
Horst Köhler w 1963 zdał egzamin maturalny w Ludwigsburgu. Odbył następnie dwuletnia służbę wojskową, dołączając do grenadierów pancernych w Ellwangen i uzyskując stopień porucznika rezerwy. W latach 1965–1969 studiował na Uniwersytecie w Tybindze, uzyskując dyplom z ekonomii. W latach 1969–1976 pracował naukowo na macierzystej uczelni w instytucie badań nad gospodarką stosowaną. W 1977 na Uniwersytecie w Tybindze uzyskał doktorat na podstawie rozprawy dotyczącej uwarunkowań rynku pracy w kontekście postępu technologicznego.