W roku 1806 Napoleon szukał sprzymierzeńców w Niemczech, by scementować swą dominację nad krajem. Jednym z ważniejszych państw niemieckich była Badenia ze względu na swe strategiczne położenie blisko granicy francuskiej i Napoleon postanowił zawrzeć alians z władcą tego kraju, księciem-elektorem Karolem Fryderykiem. W zamian za zezwolenie na małżeństwo badeńskiego następcy tronu Karola z księżniczką z rodu Bonapartych Karol Fryderyk otrzymał zgodę cesarza na podniesienie Badenii do rangi Wielkiego Księstwa. W roku 1806 Napoleon adoptował Stefanię, nadał jej tytuł Cesarskiej Wysokości i wydał ją 8 kwietnia 1806 za Badeńczyka.
Małżeństwo przez wiele lat było nieudane, Karol mieszkał w Karlsruhe i prowadził nadal swe hulaszcze i rozwiązłe życie, a Stefania rezydowała w Mannheimie. Przyjaciółka rodziny Beauharnais, księżna d’Abrantès, pisała o Karolu w swych wspomnieniach: był najbardziej nieprzyjemną osobą z jaką kiedykolwiek się zetknęłam, zachowywał się jak wiecznie nadąsane, ukarane dziecko. Był wyjątkowo mało przystojny.