Nie zainstalowano na nim typowego wyposażenia bojowego, a w nosowej części, w miejsce radaru, umieszczono balast, przenoszący środek ciężkości do przodu, przed środek parcia. Usterzenie wytwarzało ujemną siłę nośną, co widać po charakterystycznym położeniu płyt usterzenia poziomego w czasie lotu – lekko wychylonym do góry. Żaden z prototypów YF-16 nie miał uzbrojenia, choć na końcach skrzydeł umieszczono makiety wyrzutni i pocisków AIM-9 Sidewinder, pełniących jednocześnie funkcję mas antyflatterowych. Dopiero w dalszej fazie prób, na drugim egzemplarzu YF-16 zamontowano zaczepy do przenoszenia uzbrojenia i testowano różne warianty podwieszeń (bez ich odpalania czy zrzutu).
Cienkie skrzydło YF-16 charakteryzowało się niewielkim obciążeniem masy, w prototypie rzędu 235 kg/m². Aby poprawić własności manewrowe stosunkowo cienkiego profilu (grubość względna – 4%), zastosowano klapy przednie, wychylane nie tylko do startu i lądowania, ale także w czasie manewrowania. W toku badań tunelowych okazało się, że maksymalny kąt wychylenia klap przednich powinien wynosić 40°. W istocie jednak to wychylenie nie było wykorzystywane. W czasie normalnego lotu klapy przednie i tylne układ sterowania ustawiał w położeniu 0°. Z chwilą przekroczenia prędkości dźwięku klapy wychylano do góry, na kąt +2°, zarówno przednie, jak i tylne.