W tym miejscu natomiast najbardziej istotne jest to, że właśnie rowek jest najbardziej zmiennym fragmentem cząsteczek MHC (obu klas) i dlatego tworzące go domeny α1 i α2 są polimorficzne, zaś domena α3 oraz β2-mikroglobulina są niepolimorficzne.
Budowa cząsteczek MHC klasy II mały|225px|Schemat budowy MHC klasy II Cząsteczki MHC klasy II są podobne strukturalnie do cząsteczek MHC klasy I, składają się jednak z dwóch podobnych łańcuchów polipeptydowych, oznaczonych symbolami α i β. Każdy z łańcuchów składa się z dwu domen zewnątrzkomórkowych (odpowiednio α1 i α2 oraz β1 i β2), fragmentu przezbłonowego mocującego łańcuch w błonie oraz fragmentu wewnątrzkomórkowego. Domeny α1 i β1 są polimorficzne i podobnie jak w cząsteczkach MHC klasy I tworzą rowek o analogicznej strukturze. Różni się on jednak tym, że jego końce nie są zamknięte, co powoduje, że peptydy prezentowane przez cząsteczki MHC klasy II mogą być dłuższe (kilkanaście do ponad dwudziestu aminokwasów).