Pradziadkiem młodego księcia był Franciszek de Paula, drugi syn Jana I i młodszy brat Alojzego II. Kiedy obaj synowie Alojzego II nie mieli męskich potomków, prawa do sukcesji przechodziły na najbliższych im męskich krewnych czyli na stryja Franciszka Józefa – Franciszka de Paulę Marię, a w dalszej kolejności na jego ojca Alojzego. Ponieważ oboje zrzekli się praw do tronu w 1923 roku a Franciszek de Paula Maria nie miał męskiego potomka to następcą tronu został właśnie młody Franciszek Józef. Jako następca tronu odwiedził Liechtenstein kilkukrotnie, m.in. w 1927 kiedy oceniał skutki powodzi Renu. Przed objęciem władzy podróżował po Europie i Stanach Zjednoczonych. W 1929 roku przejął zarządzanie nad majątkiem rodu Liechtensteinów, a w 1930 wykupił dla Domu Książęcego większość udział w LGT Bank.
W 1938 roku kraj stanął w obliczu poważnego kryzysu związanego z anschlussem Austrii i wzrostem aktywności ruchów nazistowskich w Liechtensteinie, podupadający na zdrowiu Franciszek I oddał większość władzy książęcej swojemu następcy mianując go 30 marca 1938 roku koregentem. Pełnię władzy Franciszek Józef II objął 25 lipca 1938 po śmierci Franciszka I.