Korea W 1882 wziął udział w ekspedycji wysłanej do Korei celem stłumienia antychińskiego powstania. W 1884 został mianowany szefem sztabu chińskiego garnizonu w Seulu, a w 1885 otrzymał stanowisko namiestnika Korei. Piastując to stanowisko prowadził brutalną politykę, zmierzającą do jak największego ograniczenia autonomii tego kraju.
Po wybuchu wojny chińsko-japońskiej w 1894 Yuan stanął na czele liczącego 7000 żołnierzy chińskiego korpusu, zorganizowanego na wzór armii niemieckiej.
Służba na dworze cesarskim thumb|left|Yuan jako gubernator prowincji Szantung Po powrocie z Korei Yuan otrzymał dowództwo tworzonej w Pekinie nowoczesnej, zorganizowanej na wzór zachodni Nowej Armii.
W okresie stu dni reform związał się z reformatorskim stronnictwem Kang Youweia, po czym zdradził ich plany Rong Lu, jednemu z najbliższych współpracowników cesarzowej Cixi. Po przewrocie pałacowym stał się faworytem cesarzowej i w następnych latach piastował wysokie stanowiska na dworze.