Systematyka Rodzina bywała w przeszłości wąsko ujmowana (jako bobowate Fabaceae sensu stricto) z odrębnie wyróżnianymi spokrewnionymi rodzinami mimozowatych (Mimosaceae) i brezylkowatych (Caesalpiniaceae). Taki podział obecny był jeszcze w systemie Reveala z lat 1993–1999. Czasem wymienione rodziny traktowano jako podrodziny. W miarę poznawania złożonej filogenezy tej grupy roślin okazało się, że bobowate (Fabaceae sensu lato) dzielą się na siedem-osiem głównych linii rozwojowych i dlatego rodzina obecnie definiowana jest szeroko, a poszczególne klady mają rangę taksonomiczną podrodzin, plemion lub określane są po prostu mianem grupy.
Pozycja rodziny według APweb (aktualizowany system APG IV z 2016)
Podział rodziny W obrębie rodziny tradycyjnie wyróżniano trzy grupy w randze podrodzin lub nawet wynoszone do rangi osobnych rodzin: brezylkowe Caesalpinioideae, mimozowe Mimosoideae i motylkowe (bobowate właściwe) Faboideae (=Papilionoideae). Analizy molekularne ujawniły, że brezylkowate stanowią w tradycyjnym ujęciu takson polifiletyczny. Na początku XXI wieku potwierdzono, że należące do podrodziny brezylkowych plemiona Cercideae (4–12 rodzajów) i Detarieae (ok. 81 rodzajów) stanowią klady bazalne rodziny. Izolowaną pozycję systematyczną zajmuje monotypowy rodzaj Duparquetia z pochodzącym z zachodniej Afryki gatunkiem D.