Czapa jest największą pod względem objętości w Europie i drugą w Europie pod względem zajmowanej powierzchni po lodowcu Austfonna w norweskim Svalbardzie. Zawiera 3200 km³ lodu – tyle lodu starczyłoby by pokryć całą powierzchnię wyspy warstwą o grubości 30 m.
Średnia grubość lodowca to 400–500 m a maksymalna to 950 m. Vatnajökull wznosi się na ponad 2000 m n.p.m. a jego najwyższy punkt Hvannadalshnjúkur (2110 m n.p.m.) jest zarazem najwyższym szczytem Islandii. Najniższy punkt lodowca to 300 m p.p.m. – pod nim znajdują się dwa najbardziej aktywne wulkany Skeiðarárjökull i Breiðamerkurjökull.
W 2008 roku dla ochrony lodowca, wulkanów i okolicznych terenów utworzono Park Narodowy Vatnajökull.
Czapa jest wrażliwa na zmiany klimatyczne. Od końca XIX w. czapa straciła ok. 10% swojej objętości. Proces topnienia przyspieszył w XXI w., ujmując kolejne 3% z objętości lodowca.
Budowa lodowca Czapa jest lodowcem umiarkowanym, tj. lód ma temperaturę bliską temperaturze topnienia. Zbudowana jest z czasz lodowych, strumieni lodowych i licznych lodowców wyprowadzających. Główne czasze to: Kverkfjöll na północnej krawędzi czapy, Breiðabunga na wschodzie, Háabunga pośrodku oraz Bárðarbunga i Grímsfjall w części zachodniej.