Prototypowe pistolety strzelały nabojem 7,65 mm Borchardta, ale wkrótce Mauser opracował ulepszony nabój 7,63 mm Mauser, różniący się nieco wymiarami i zwiększonym ładunkiem prochowym.
Pistolet jest uznawany za pierwszy udany typ pistoletu samopowtarzalnego. Mimo umieszczenia magazynka przed rękojeścią, co skutkowało tym, że broń była „ciężka na lufę”, a także mimo wysokiej masy i małej poręczności, Mauser C96 znany był jako broń o bardzo wysokiej celności i niezawodności, rzadko ulegająca zacięciomW. Głębowicz, Mauser…, s. 24.. Stosowana amunicja 7,63 mm miała bardzo dużą energię i przebijalność, jak na naboje pistoletowe. Teoretycznie możliwe było strzelanie na odległości aż do 1000 metrów, do jakiej wyskalowany był celownik, aczkolwiek celność na takim dystansie była niewielka, a przy strzelaniu na odległość powyżej 50 m należało stosować dołączaną drewnianą kolbę, stanowiącą zarazem kaburę pistoletu. Mało praktyczny był sposób ładowania pistoletu, z łódki (podobnie, jak karabinów powtarzalnych), aczkolwiek magazynki wymienne rozpowszechniły się dopiero w pistoletach skonstruowanych później. Mimo zalet magazynków wymiennych, Mauser C96 praktycznie do końca produkcji w Niemczech pozostał z magazynkiem niewymiennym.