Mimo tych spostrzeżeń zapalenie tarczycy Hashimoto nie było jednak traktowane jako odrębna jednostka chorobowa, różna od opisanego w 1886 przez niemieckiego chirurga Bernharda Riedla zapalenia tarczycy Riedla.
W kolejnych latach naukowcy publikowali wprawdzie opisy przypadków podobnych do przedstawionych przez Hashimoto (Morris Simmonds, 1913; Herman Heineke, 1914), ale jego odkrycie zostało zignorowane; niemieckie kręgi medyczne traktowały opisane przez niego objawy jako opisy wczesnej fazy zapalenia tarczycy Riedla. Dopiero w 1931 Allen Graham opublikował pracę, w której wykazywał, że struma lymphomatosa opisana przez dr. Hashimoto winna być traktowana jako odrębna jednostka chorobowa. Od czasu tej publikacji choroba zaczęła być określana w języku angielskim (od nazwiska odkrywcy) jako Hashimoto thyroiditis (HT).
W 1956 Noel R. Rose i Ernest Witebsky przeprowadzili eksperymenty na królikach, w toku których wykazali, że immunizacja zwierząt ekstraktami z gruczołu tarczowego wywoływała zmiany w tarczycach, podobne do tych opisywanych w chorobie Hashimoto. Równocześnie stwierdzili oni występowanie przeciwciał anty-tyreoglobulinowych w surowicy pobranej od tych królików.