W 1999 roku Audi A4 przeszło drugi i tym razem dużo większy lifting. Okres produkcyjny modelu roku 1999 był kontynuowany po konserwacji modelu w okresie od 1 lutego 1999 r. do 30 czerwca 1999 r. (numery podwozia: 8D-X-200001 do 8D-X-400000). W tym roku wyposażenie było mieszane ze względu na opcje silnikowe z wyposażeniem z I liftu. Występował na przemian licznik z analogowym zegarem i cyfrowym zależnie od kodu silnika. Licznik analogowy występował z jednostkami z poprzednich lat np. AFN/AHU (1.9TDI), licznik z pełnego liftu trafił tylko do jednostek, które miały premierę wraz z II liftem, różnice były głównie w elektronice (wprowadzenie szyny CAN) i zmienionej obsłudze czujnika poziomu oleju. Nowością było też wskazywanie otwartych drzwi przy tzw. pełnym FIS w liczniku.
W 2000 roku model przeszedł kolejną modernizację, w sprzedaży były już tylko jednostki silnikowe nowe nie występujące wcześniej (część z nich została odmłodzona pod względem elektroniki), każde auto obsługiwane było już po szynie CAN (możliwość edycji ECU po kablu diagnostycznym). Najistotniejsze zmiany to licznik z białym podświetleniem, zastąpienie RNS-C nowszym RNS-D(DX) oraz wprowadzenie BNS-3 (wcześniej BNS-1). W S4 wprowadzono opcjonalne obudowy lusterek symetryczne aluminiowe (chrom).