Pochodzenie nazwy W drugim tomie bułgarskich kronik Imana, Jagfar Tarikhi (1680), rzeka Prut jest określana jako Burat. A w traktacie Konstantyna Porfirogenety O zarządzaniu państwem wspomina się rzekę Brut (rozdz. 38) lub Burat (rozdz. 42) – współczesny Prut.
Historia Rzeka Prut (w języku starogreckim Pyretos lub Poras) była znana Rzymianom.
W XII wieku w dorzeczu Prutu znajdowały się galicyjsko-ruskie miasta, dzisiejszy Gałacz. W XIII wieku tam leżała Ziemia Berladników, a u ujścia Bahlui na starożytnych mapach wyznaczono miasto Brady (później Cecora).
W 1513 przez Prut przeszli Tatarzy, а w 1518 Sułtan Albu'l z Perekopu, którego armia została pokonana i częściowo zatopiona w Prucie wraz z Chugurem Stefanem IV (zwanym Stefanicą). W 1581 roku Tatarzy z ordy jamboluckiej (oczakowskiej) ponownie najechali dolinę Prutu.
W 1563 przeszedł przez Prut z Kozakami kniaź Dymitr Wiśniowiecki Bajda, w 1594 – ataman Seweryn Nalewajko i hetman Grzegorz Łoboda, a w 1621 – sułtan Osman II, który został pokonany pod Chocimiem. W 1653 u brzegu Prutu, w bitwie z armią mołdawską, został śmiertelnie ranny Tymosz Chmielnicki, syn Bohdana Chmielnickiego.