W sezonie 2009/10 Bynuma omijały groźne urazy aż do pierwszej rundy play-off i starcia z Oklahoma City Thunder. Tam, w szóstym meczu rywalizacji kolejny raz doznał kontuzji kolana. Dograł jednak do końca rozgrywek i zdobył kolejne mistrzostwo NBA, pokonując Boston Celtics 4:3. Po zakończeniu sezonu poddał się kolejnej operacji kolana.
Poddał się jej dopiero 28 lipca, a rehabilitacja trwała na tyle długo, że Bynum opuścił początek sezonu 2010/11. Pierwszy mecz rozegrał dopiero 14 grudnia przeciwko Washington Wizards. Trener Phil Jackson ograniczył jego minuty do 27.8 na mecz, żeby zminimalizować ryzyko kontuzji. To się udało, ale drużyna nie była już tak silna jak w poprzednich rozgrywkach.
Dodatkowo Bynum zaczął zachowywać się niesportowo na boisku. 20 marca został zawieszony na dwa mecze za faul na Michaelu Beasleyu. Sytuacja powtórzyła się w czwartym meczu półfinału konferencji przeciwko Dallas Mavericks. Tym razem faulowanym był J.J. Barea. Bynum został zawieszony na 5 meczów kolejnego sezonu (później skrócone do 4) i otrzymał 25 tys. dolarów kary.