Szczególne zainteresowanie budzi związek nieprawidłowej budowy rzęsek z odwróconym ułożeniem trzewi, sugerującym kluczową rolę rzęsek w embriogenezie. Przełożenie trzewi spowodowane jest nieprawidłową migracją komórek embrionalnych, skutkującą losowym rozmieszczeniem nieparzystych narządów wewnętrznych. Dlatego situs inversus spotyka się u połowy pacjentów z pierwotną dyskinezą rzęsek.
Objawy i przebieg thumb|Obraz w tomografii komputerowej jamy brzusznej pacjenta z zespołem Kartagenera. Widoczne odwrotne ułożenie wątroby i żyły głównej dolnej (po lewej) i śledziony oraz aorty (po prawej) thumb|Obraz w tomografii komputerowej dolnej części klatki piersiowej, pokazujący rozstrzenie oskrzeli U około 75% noworodków z PCD rozwija się zespół niewydolności oddechowej, wymagający tlenoterapii w okresie od kilku dni do kilku tygodni. W późniejszym okresie występują następujące objawy: klasyczna triada: zapalenie zatok, rozstrzenia oskrzeli i situs inversus występuje w około 50% przypadków i stanowi podstawę rozpoznania zespołu Kartagenera przewlekłe i (lub) nawrotowe infekcje dróg oddechowych (zapalenia zatok, oskrzeli, płuc) od wczesnego dzieciństwa przewlekły kaszel z odkrztuszaniem przewlekły nieżyt nosa polipy nosowe często hipoplazja lub aplazja zatok czołowych nawrotowe zapalenia ucha środkowego i trąbki słuchowej