W latach 1945–1947 jako oficer ludowego Wojska Polskiego dowodził 4. Samodzielnym Batalionem Samochodowo-Transportowym – jednostką specjalną pozostającą do dyspozycji wojewody katowickiego, generała Aleksandra Zawadzkiego. Fabularną wersję wydarzeń tego okresu przedstawiał Żukrowski w powieści Skąpani w ogniu (1961, ekranizacja 1963), a wspomnienia z tego okresu można znaleźć w książce Zsyp ze śmietnika pamięci (wyd. 2002). Uczestniczył w zwalczaniu oddziałów Werwolfu w lasach koło Prudnika. Po ujawnieniu AK-owskiej przeszłości został wydalony z wojska i zdegradowany. W 1947 przeniósł się z żoną, którą poślubił w 1945, do Wrocławia. W 1951 przeprowadził się do Warszawy, na odbudowany po wojnie Mariensztat. W latach 1953–1954 przebywał w Wietnamie i Chinach jako korespondent wojenny.

W okresie 1953–1956 jego książki były na indeksie jako katolickie i reprezentujące nurty burżuazyjne;