W ostatnich latach życia otoczony był powszechnym szacunkiem zarówno ze strony władz, jak i rodaków, nazywających go „Naszym Doktorem” lub „Doktorem Marcinem”.
Jego doświadczenia powstańcze, liberalne poglądy oraz wpływ takich osób jak Hipolit Cegielski czy Dezydery Chłapowski sprawiły, że stał się orędownikiem pracy organicznej i walki o wolność metodami politycznymi i ekonomicznymi, będąc pierwszym z długiego szeregu wielkopolskich organiczników realizujących ideały pozytywistyczne.
Zmarł na gruźlicę w 1846 r. W jego pogrzebie wzięło udział około 20 000 osób, co było sprzeczne z jego testamentem. Pierwszy raz pogrzebano go na cmentarzu parafialnym św. Marcina (staromarcińskim) w Poznaniu, w pobliżu drogi dojazdowej do mostu dworcowego. W 1910 r. jego zwłoki zostały ekshumowane z powodu budowy wiaduktu kolejowego. Trzeci pochówek miał miejsce 10 czerwca 1923 r., kiedy to zwłoki przeniesiono na Poznańską Skałkę.