W czasie, gdy ukrywał się w okolicach Wielopola, wykonując prace malarskie w kościele w Nockowej, dowiedział się o aresztowaniu ojca (8 grudnia 1940), który został przewieziony do Oświęcimia w pierwszych transportach z Tarnowa i zginął w obozie Auschwitz-Birkenau 18 marca 1942.
Wraz z kolegami ze studiów i studentami Kunstgewerbeschule stworzył podziemny Teatr Niezależny. Próby odbywały się w domu Ewy Jurkiewicz – pierwszej żony Kantora. W 1945 podjął pracę kierownika malarni w krakowskim Starym Teatrze i zapisał się na kurs scenografii w Studiu Teatralnym prowadzonym przez Andrzeja Pronaszkę, który obok Frycza stał się dla niego drugim idolem. W listopadzie 1946 wraz z Marią Jaremą wziął udział w Międzynarodowej Wystawie Sztuki Współczesnej w paryskim Musée d’Art Moderne. Podróż ta znacząco odbiła się na jego twórczości do tego stopnia, że gdy objął stanowisko profesora malarstwa w Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych lub na ASP w Krakowie (w latach 1948–1949), rozpoczął swoją pracę od ataków na tradycjonalizm, co zaowocowało udziałem w wielu ważnych wystawach nowej sztuki. Kariera Kantora jako pedagoga została przerwana w 1949, ponieważ ówczesne władze wprowadziły przejęte z ZSRR zasady realizmu socjalistycznego i zwalczały sztukę nowoczesną, którą uprawiał Kantor.