Jednakże w 2018 roku badania filogenetyczne kości znalezionych na stanowisku kultury Botai w północnym Kazachstanie wykazały, że jest on potomkiem koni udomowionych przez lud Botai. Zgodnie z tymi badaniami koń Przewalskiego nie byłby gatunkiem dzikim, lecz zdziczałym. Chociaż E. f. przewalskii ma 66 chromosomów, a koń domowy 64, to stwierdzono introgresję pomiędzy tymi dwoma zwierzętami, zarówno w niewoli, jak i warunkach naturalnych. Ponieważ w hodowli koń Przewalskiego uległ efektowi wąskiego gardła, pozostaje on w tym samym kladzie, co koń domowy.
Volf (1996) sugerował, że mongolskie konie domowe pochodzą od konia Przewalskiego.
Obecnie w najnowszych wersjach encyklopedii dotyczących systematyki ssaków (Mammals Diversity Database i All the Mammals of the World; 2023 rok) nie uznaje się tego koniowatego za osobnego, jednakże, jeszcze w 2020 roku, w 2-tomowej checkliście Illustrated Checklist of the Mammals of the World uwzględniono E. f.