W latach 1853–1855 ukończył progimnazjum (w dwa lata pięcioletni kurs) w Łuczanach (obecnie Giżycko). Następnie od 1855 roku uczył się w gimnazjum w Rastemborku (obecnie Kętrzyn). W 1856 otrzymał list od siostry, z którego dowiedział się o polskim pochodzeniu i dawnym nazwisku rodowym Kętrzyński. Spowodowało to jego zainteresowanie polskością i naukę języka polskiego. W 1859 zdał egzamin maturalny i 13 października rozpoczął studia historyczne na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Albrechta w Królewcu.
„Wiarę, mowę ukraść mi mogliście, Ale serca z piersi nie wyrwiecie. Serce me zostanie zawsze polskie!”
Wojciech Kętrzyński W ojczystym kraju
mały|lewo|180px|Wojciech Kętrzyński przed 1906 W 1861 przeprowadził urzędową zmianę imienia i nazwiska na Wojciech Kętrzyński. W ślad za nim zmieniło je także jego rodzeństwo. W wakacje 1862 roku przebywał u swojej ciotki Jadwigi Krohnke w Warszawie. Później zaangażował się w działalność patriotyczną i miał swój udział w powstaniu styczniowym organizując transport broni. W dniu 11 września 1863 został aresztowany we wsi Jaroty i uwięziony w Bramie Górnej w Olsztynie. Po początkowym uwolnieniu od zarzutów aresztowano go ponownie 6 października i osadzono w więzieniu Moabit w Berlinie. Jego sprawa była później rozpatrywana w wielkim procesie 135 Polaków w Berlinie.