W latach 1953–1958 Miyazaki uczęszczał kolejno do gimnazjum Omiya i szkoły średniej Toyotama. W trzeciej klasie zobaczył pierwszy kolorowy film anime zatytułowany Hakuja den i zaczął się interesować tym rodzajem sztuki. Postanowił zostać rysownikiem komiksów. Dotychczas rysował tylko samoloty i statki, nie potrafił natomiast malować ludzi.
W 1959 roku dostał się na Uniwersytet Gakushūin, który ukończył w 1963 roku, uzyskując stopnie w naukach politycznych i ekonomii. Na uczelni przyłączył się do młodzieżowego klubu naukowo-literackiego, który był odpowiednikiem obecnych stowarzyszeń wielbicieli komiksów.
Twórczość W 1963 roku Hayao ukończył naukę na Uniwersytecie Gakushūin i znalazł pracę w Tōei Dōga, zajmującej się animacjami. Po trzymiesięcznym treningu zajął się produkcją pierwszego przedsięwzięcia, zatytułowanego Wanwan chūshingura – po którym został przeniesiony do pracy nad pierwszym animowanym serialem telewizyjnym, Wolf Boy Ken. Hayao mieszkał wówczas w dzielnicy Nerima w Tokio.
Rok później Hayao został głównym sekretarzem związku robotniczego Tōei Dōga (Isao Takahata był wiceprezesem). W tym czasie zaczął spotykać się ze swoją współpracownicą, Akemi Ōtą.