Od 15 czerwca do 14 grudnia 1992 pełnił obowiązki premiera Rosji. Został odwołany ze stanowiska na skutek konfliktu pomiędzy Jelcynem a Radą Najwyższą. W grudniu 1992 został dyrektorem Instytutu Problemów Gospodarki Okresu Przejściowego.

Dwukrotnie pełnił funkcję wicepremiera Rosji: od 2 marca do 15 grudnia 1992 roku oraz od 18 września 1993 do 20 stycznia 1994. Ponadto od 18 września 1993 do 20 stycznia 1994 po raz drugi pełnił stanowisko ministra gospodarki Rosji. Podał się do dymisji mówiąc, że zmiany w gospodarce są prowadzone za jego plecami. Odejście Gajdara osłabiło tempo reform gospodarczych. W 1994 współtworzył koalicyjne ugrupowanie polityczne Demokratyczny Wybór Rosji, którego został przewodniczącym. W latach 1993–2003 był deputowanym Dumy Państwowej. W 1999 z Anatolijem Czubajsem został współprzewodniczącym Sojuszu Sił Prawicowych. W 2001 przestał sprawować funkcję prezesa Demokratycznego Wyboru Rosji.

W 1996 został Dyrektorem Instytutu Ekonomiki Transformacji. Był autorem ponad 100 publikacji naukowych z dziedziny ekonomii.

Był krytykiem polityki gospodarczej Władimira Putina. Głosił, że czerpanie korzyści z wysokich cen surowców naturalnych tworzy fałszywy dobrobyt.