W okresie panowania Bizancjum istniały tutaj niewielkie społeczności chrześcijańskie, po których pozostały ruiny klasztoru i domu z pięknymi mozaikami. W późniejszym okresie znajdowała się tutaj niewielka wioska z wieżą strażniczą krzyżowców.
thumb|upright|left| Następnie znajdowały się tutaj palestyńskie wioski Al-Burdż, Bir Ma’in i Barfilija. Podczas wojny o niepodległość w 1948 izraelska armia przejęła kontrolę nad tymi ziemiami, całkowicie niszcząc tutejsze arabskie wioski i wypędzając ich mieszkańców. Po wojnie niewielu z nich wróciło do swoich domów.
W 1985 założono osadę Makkabbim, a w 1987 grupa izraelskich rezerwistów założyła osadę Re’ut. Natomiast współczesne miasto Modi’in zostało założone w 1993 w miejscu starożytnej lokalizacji dawnego Modi’in, opisanego w Talmudzie. Plan urbanistyczne zakładają utworzenie tutaj dużego ośrodka miejskiego, które obecnie zajmuje dopiero 50% swojej docelowej wielkości. Ma tu mieszkać około 250 000 mieszkańców, jednak zatwierdzone do tej pory plany rozbudowy mówią jedynie o 120 000 mieszkańców. Projekt miasta stworzył słynny architekt Moshe Safdie.
W grudniu 2003 nastąpiło połączenie pobliskich osiedli w jedno miasto, które otrzymało nazwę Modi’in-Makkabbim-Re’ut.