W 1864 zlikwidowano konwent bernardynów, którzy wrócili tu w lipcu 1945. Historię kościoła do 1861 opisał Jan Warmiński (Lieder) w książeczce pt. Pamiątka z Czerniakowa. Zawiera ona m.in. cenne informacje o XIX-wiecznej restauracji kościoła i niezrealizowanych planach przekształcenia krypt na kaplicę.
Kościół i klasztor ucierpiały głównie w 1939 podczas obrony Warszawy oraz w 1944 w czasie powstania warszawskiego – zniszczeniom uległy dekoracje rzeźbiarsko-malarskie, dach i obrazy. W latach 1951–1954 przeprowadzono konserwację pod kierunkiem Bohdana MarconiegoNa podstawie zapisów w kronice klasztornej z 1693., a gruntowne prace konserwatorskie wykonano w latach 1985–1994.
Kościół nie został nigdy przebudowany i zachował swój pierwotny, barokowy wystrój wnętrza. Jedynymi nieoryginalnymi elementami wyposażenia są wymienione w XIX wieku organy oraz drobne elementy wyposażenia liturgicznego (m.in. XX-wieczny ołtarz posoborowy, stacje drogi krzyżowej oraz empirowe świeczniki ołtarzowe). Wcześniejszy, najprawdopodobniej XVIII-wieczny instrument przeniesiono do bliżej nieokreślonego kościoła poza Warszawą. Na uwagę zasługują także oryginalne XVII-wieczne boazerie ścienne wykonane z drewna dębowego – najstarszy tego typu element wystroju wnętrza zachowany w Warszawie.