Club Universidad de Chile Marcelo Salas karierę piłkarską rozpoczął w 1989 roku w juniorach Deportes Temuco, w których występował do 1992 roku. Następnie grał w juniorach Club Universidad de Chile, z którym w 1993 roku podpisał profesjonalny kontrakt. Debiut w seniorskiej drużynie zaliczył dnia 4 stycznia 1994 roku w meczu z CD Cobreloa, w którym strzelił swojego pierwszego gola dla zespołu. Z tym zespołem Salas dwukrotnie zdobył mistrzostwo Chile (1994, 1995) oraz dotarł do półfinału Copa Libertadores 1996. Z klubu odszedł w 1996 roku rozegraniu 77 meczów ligowych, w których strzelił 50 bramek.
River Plate Następnie Marcelo Salas został zawodnikiem argentyńskiego klubu ligi Primera División - River Plate, co wywołało krytykę wśród argentyńskiej prasy oraz Diego Maradonę, gdyż urodzony w Chile zawodnik nigdy nie miał wpływu na grę w argentyńskich rozgrywkach. Jednak Salas swoją grą uciszył swoich krytyków zdobył serca argentyńskich fanów oraz miał spory udział ze zdobyciu trofeów przez River Plate w tych czasach: mistrzostwa Argentyny (Apertura 1996, Clausura 1997, Apertura 1997) oraz Supercopa Sudamericana 1997, co pomogło Salasowi w zdobyciu w 1997 roku nagród indywidualnych: Południowoamerykański Piłkarz Roku oraz Piłkarz Roku w Argentynie.