Funkcję tę sprawował do 2002, będąc w tym samym czasie radnym sejmiku małopolskiego.
W 1999 został współprzewodniczącym Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego. W pierwszej połowie 2000 przewodniczył Konwentowi Marszałków RP, był też przewodniczącym Komitetu Sterującego Kontraktu Wojewódzkiego oraz Komitetów Sterujących Programów Pomocowych Unii Europejskiej i Banku Światowego. W 2002 powołał lokalne ugrupowanie Wspólnota Małopolska, z listy którego uzyskał po raz drugi mandat radnego sejmiku.
W 2006 ponownie został wybrany na radnego (tym razem jako bezpartyjny kandydat z listy Prawa i Sprawiedliwości) i po raz drugi objął stanowisko marszałka województwa małopolskiego, stając na czele koalicji PiS-LPR-PSL. Gdy po kilku miesiącach liderzy PiS podjęli działania zmierzające do jego usunięcia z tej funkcji, razem z czterema innymi radnymi powołał w sejmiku klub radnych Wspólnoty Małopolskiej.