Wojciech Czepiel jako dyrygent zadebiutował w 1981 roku z Orkiestrą Akademii Muzycznej w Krakowie. W latach 1982–1984 był dyrygentem asystentem i równocześnie koncertmistrzem Orkiestry Filharmonii Krakowskiej. Od 1984 do 1986 roku był dyrektorem artystycznym Filharmonii Bałtyckiej w Gdańsku, a następnie w latach 1986–1990 dyrygentem Warszawskiej Orkiestry Kameralnej. W sezonie 1990/1991 pracował jako drugi dyrygent w Filharmonii im. Rubinsteina w Łodzi, zaś w latach 1991–1994 był wicedyrektorem i dyrygentem Polskiej Orkiestry Radiowej w Warszawie. Był również dyrygentem Orkiestry Symfonicznej Akademii Muzycznej w Krakowie (do 2006 roku).
W latach 2000–2013 był dyrektorem Lebanese National Philharmonic w Bejrucie.
Bardzo ważną pozycję działalności dyrygenckiej Wojciecha Czepiela zajmują zarówno nagrania archiwalne dla Polskiego Radia, jak i nagrania płytowe dla firm: Europa Musica, Polmusic, Denon, Polskie Nagrania.