Pierwszy zapis o piernikach toruńskich pochodzi z 1380 roku. W XV wieku w Polsce rozwinęła się rzemieślnicza produkcja pierników. Największą popularnością cieszyły się pierniki wypiekane w Toruniu. Ich sławę przypieczętowało powiedzenie: Cztery są najlepsze rzeczy w Polsce: toruński piernik, gdańska wódka, warszawski trzewik i krakowska panna. Piernikarstwo było dużym źródłem dochodów dla Rady Miasta. W 1577 roku został wydany przywilej zezwalający toruńskim piernikarzom sprzedawać swoje wyroby na jarmarkach królewskich. Znajdujące się w składzie przyprawy były drogie, przez co pierniki uchodziły za towar luksusowy. Wypiekiem pierników na własne potrzeby zajmowały się również zakony.
W wydanej w 1768 roku Geografii Królestwa Polskiego Antona Friedricha Büschina piernik toruński wraz ze słodkimi rzepkami, mydłem i kiełbasami jest wymieniony jako produkt, z którego słynie Toruń. W drugiej połowie XVIII wieku pierniki zaczęły uchodzić za danie staromodne, niepasujące do ówczesnej mody na kuchnię francuską, stawiającą nacisk na delikatność smaku i wykwintność potraw.