Rząd Chorwacji nie uznał jednak niepodległości RSK, proponując jedynie autonomię.
Również społeczność międzynarodowa nie uznała Republiki Serbskiej Krajiny, choć posiadała ona wszystkie cechy niepodległego państwa (własny rząd, administracja, armia, waluta, znaczki pocztowe) i de facto sama kontrolowała swoje terytorium.
Sytuację zmienił dopiero wybuch wojny w Bośni. We wrześniu 1993 do Krajiny wkroczyły wojska chorwackie, znów rozpoczynając wojnę. Główny trzon sił serbskich stanowiło komando pod dowództwem Željko Ražnatovića ps. „Arkan”.
Na początku 1995 społeczność międzynarodowa zaproponowała rozwiązanie konfliktu w sposób pokojowy – w tzw. planie Z-4 Krajina miała pozostać w granicach Chorwacji, ale z bardzo szeroką autonomią (m.in. własna polityka monetarna i finansowa, własna flaga, herb i hymn, osobny prezydent jako głowa autonomii, strefa zdemilitaryzowana bez chorwackiego wojska), ale obie strony (jak również rząd w Belgradzie) do projektu tego odniosły się negatywnie.
Wkrótce potem Chorwaci dokonali ostatecznego uderzenia militarnego, zajmując całą Krajinę w ramach operacji Błysk i operacji Burza.
Rząd Chorwacji zgodził się na utworzenie autonomicznej republiki serbskiej w regionie Srem-Baranja (Wschodnia Slawonia, Baranja i Zachodni Srem).