10 czerwca 1940 wraz z nadciągającą nazistowską inwazją uciekła z Paryża. Jej mąż Pierre został schwytany przez nazistów i wysłany do obozu jenieckiego. Był w stanie uciec i spotkał się z Gisèle przed powrotem do Paryża, aby walczyć w ruchu oporu. Jako żona uciekającego więźnia, Żyda i socjalisty, Freund „obawiała się o swoje życie”. W 1942 z pomocą André Malraux, który powiedział swoim przyjaciołom: „musimy uratować Gisèle!”, uciekła do Buenos Aires w Argentynie na zaproszenie Victorii Ocampo. Ocampo była w centrum argentyńskiej elity intelektualnej, a za jej pośrednictwem Freund poznała i sfotografowała wielu wielkich pisarzy i artystów, takich jak Jorge Luis Borges i Pablo Neruda.
Mieszkając w Argentynie, Freund rozpoczęła działalność wydawniczą pod nazwą Ediciones Victoria. W 1947 została pierwszą kobietą, która podpisała kontrakt z agencją Magnum Photos (jako twórczyni z Ameryki Łacińskiej). W 1953 wróciła na stałe do Paryża. W 1954 została uznana przez rząd Stanów Zjednoczonych za persona non grata, co było wynikiem jej socjalistycznych poglądów.