Po rozpoczęciu rewolucji kulturalnej w 1966 roku rozpoczął się okres prześladowań religijnych, a działalność organizacji zamarła. Odrodziła się ona ponownie w 1980 roku. W tym też roku powołana została Chińska Rada Chrześcijańska, stanowiąca stricte duszpasterskie ramię ruchu. Dziś odpowiedzialna jest ona za nadzór administracyjny nad kościołami i duchowieństwem, prowadzenie seminariów, druk i kolportaż Biblii.
W 1993 roku organizacja została przyjęta jako oficjalna reprezentacja chińskich protestantów do Światowej Rady Kościołów. W 2007 roku ruch zrzeszał około 18 milionów wiernych, posiadał 20 tysięcy duchownych, 40 tysięcy kościołów i domów modlitwy oraz 20 seminariów i szkół biblijnych. Choć chińskie prawo nadal wymaga rejestracji wszystkich nowych wspólnot protestanckich w Patriotycznym Ruchu Potrójnej Autonomii, wraz z częściową liberalizacją polityki religijnej w ChRL w ostatnich latach powstało szereg niezależnych kościołów, funkcjonujących poza oficjalnymi strukturami.