Prezydent Szczecina Kandydował na stanowisko prezydenta miasta Szczecina w wyborach samorządowych w 2006 jako bezpartyjny kandydat z ramienia Platformy Obywatelskiej. W pierwszej turze wyborów zajął pierwsze miejsce (otrzymał 41,79% poparcia). W drugiej turze pokonał Jacka Piechotę, otrzymując 64,83% głosów i wygrywając wybory. Pod koniec tego samego roku wstąpił do PO. 18 września 2010, po decyzji zachodniopomorskiej rady regionu Platformy Obywatelskiej o niepoparciu go w kolejnych wyborach na prezydenta Szczecina, zawiesił swoje członkostwo w tej partii. 27 listopada tego samego roku ostatecznie zrezygnował z członkostwa w PO.
W 2008 CBA zarzuciło Piotrowi Krzystkowi zakup mieszkania komunalnego po zaniżonej cenie w latach 1999–2003. Prawo najmu tego lokalu przyznał mu (wówczas dyrektorowi UW) wojewoda zachodniopomorski Władysław Lisewski. Mieszkanie wycenione na 180 tys. zł w 2000 Piotr Krzystek wykupił za 32 tysiące (17,5% wartości). W 2009 Sąd Okręgowy w Szczecinie orzekł, że nie było podstawy prawnej, w oparciu o którą Piotr Krzystek mógł dostać mieszkanie komunalne, nakazując jego zwrot.