Naczelnik urzędu skarbowego jest upoważniony do prowadzenia czynności sprawdzających, kontroli podatkowej oraz postępowania podatkowego.
Wyspecjalizowane urzędy skarbowe Wyspecjalizowanymi urzędami skarbowymi są urzędy skarbowe do obsługi niektórych kategorii podatników. Zalicza się tu tzw. duże (wojewódzkie) urzędy skarbowe oraz II Urząd Skarbowy Warszawa-Śródmieście.
Wojewódzkie urzędy skarbowe 20 wyspecjalizowanych urzędów skarbowych powołanych z dniem 1 stycznia 2004 r. do obsługi niektórych kategorii podatników, tj: ze względu na podmiot – gdy podatnik jest: podatkową grupą kapitałową, bankiem, zakładem ubezpieczeń, spółką giełdową funduszem inwestycyjnym funduszem emerytalnym oddziałem lub przedstawicielstwem przedsiębiorstwa zagranicznego ze względu na przedmiot – gdy podatnik będący osobą prawną lub jednostką organizacyjną nieposiadającą osobowości prawnej: w ostatnim roku podatkowym osiągnął przychód roczny netto co najmniej 5 mln euro, jako rezydent bierze udział bezpośrednio lub pośrednio w zarządzaniu przedsiębiorstwami położonymi za granicą lub w ich kontroli albo posiada udział w ich kapitale, jest zarządzany bezpośrednio lub pośrednio przez nierezydenta lub nierezydent posiada co najmniej 5% głosów na zgromadzeniu wspólników albo na walnym zgromadzeniu, jako rezydent jednocześnie bezpośrednio