W 2004 roku, po trzech latach bez wydania nowego albumu, zespół powrócił do studia i zaczął nagrywać swój drugi studyjny album Endengered Species. Wkrótce od zespołu odłączył się gitarzysta Jason Daunt i perkusista Chris Ballinger. Nowy skład zespołu wzbudził kontrowersje wśród fanów. Jedynym singlem z albumu Endangered Species była piosenka „Recognize”. Niestety nie była zbyt często puszczana w rozgłośniach radiowych. Miał powstać do niej teledysk, ale nigdy to nie nastąpiło.
Nowy album Endengered Species wydany w 2004 roku zadebiutował na 42. miejscu amerykańskiej toplisty Billboard 200, sprzedając się w 27,527 kopiach w pierwszym tygodniu. Album otrzymał różne recenzje od fanów, głównie dlatego, że był lżejszy niż poprzedni Through the Eyes. Flaw zostaje wkrótce opuszczony przez wytwórnię, gdyż nie udało mu się sprzedać 500,000 kopii obu albumów.
2004–2006 Pod koniec 2004 zespół opuszczony przez wydawcę rozpada się. Ostatnie dni zespołu pozostawiły dużo wiadomości od złych fanów na oficjalnej stronie zespołu, ponieważ Flaw miał zaplanowanych kilka koncertów. Gdy wiadomość o rozpadnięciu się zespołu zaczęła krążyć wśród fanów nikt z członków zespołu nie odważył się jej zdementować lub potwierdzić.