Zespoły z miejsc 9-16 spadły natomiast do nowo utworzonej III ligi.
Drużyny
Objaśnienia: Unia Janikowo przegrała baraże o utrzymanie w II lidze z Wartą Poznań. Toruński KP zmienił nazwę na Elana Toruń. Nielba Wągrowiec wygrała baraże o awans do III ligi z Piastem Kobylin.
Tabela
Sezon 2006/2007
Rozgrywki III ligi grupy drugiej w sezonie 2006/2007 rozpoczęły się 12 sierpnia 2006 roku. W trakcie rundy jesiennej, która zakończyła się 8 listopada 2006 roku, zostało rozegranych 15 kolejek. Najlepszym zespołem rundy okazała się drużyna Tura Turek. Runda wiosenna rozpoczęła się natomiast 17 marca 2007 roku, a zakończyła 9 czerwca 2007 roku. Bezpośredni awans do II ligi uzyskał zespół Tura Turek. W barażu o awans do tejże klasy rozgrywek zagrała natomiast Warta Poznań, która dzięki zwycięstwu nad Unią Janikowo awansowała do II ligi.